根据《农民专业合作社法》规定，应该是“减免税收、重点扶持”，但没有给出具体细则，所以目前都是由地方政府自行制定对农民专业合作社的税收政策，因此各地差异比较大，以农民专业合作社发展比较快的寿光为例，优惠幅度要大一些，一些落后地区根本就是按照小型合伙企业来征税。记住一条，农民自己种地都不交税了，加入合作社是为了让农民多赚钱，所以优惠政策早晚会落实的，具体情况，你得去当地的国税去了解，多跑几趟，应该会有收获的。
合作社企业所得税年度纳税申报表怎么填？
请参考：《中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表（A类）》填报说明。
注意：在企业所得税年度申报系统中录入数据前，必须先详细填写本公司基本信息，然后从相关附表开始陆续填写，最后系统自动生成《企业所得税年度申报主表》。
农民专业合作社成立后报税该怎么做？
合作社报税流程主要分为以下五步
第一步：申领合作社法人营业执照
办理部门：工商行政管理局
依据：《合作社登记管理条例》
提交材料：1、设立登记申请书；2、全体设立人签名、盖章的设立大会纪要；3、全体设立人签名、盖章的章程；4、法定代表人、理事的任职文件和身份证明；5、全体出资成员签名、盖章予以确认的出资清单；6、法定代表人签署的成员名册和成员身份证明复印件；7、住所使用证明；8、指定代表或者委托代理人的证明；9、合作社名称预先核准申请书；10、业务范围涉及前置许可的文件。
收费内容：不收任何费用。
注意事项：1、农民专业合作社名称为：行政区划+字号或商号+产业类别+专业合作社；2、农民专业合作社法人营业执照不需要年检。
第二步：办理合作社公章
办理部门：公安局
依据：《公安部印章管理办法》
提交材料：合作社法人营业执照复印件、法人代表身份证复印件、经办人身份证复印件。
收费内容：刻章费，根据材料不同，几十元到一百元不等。
注意事项：目前专业合作社需要的公章有行政章、财务专用章、法人代表章共三枚。
第三步：申领组织机构统一代码证
办理部门：质量技术监督局
依据：《广东省组织机构代码管理办法》
提交材料：1、合作社法人营业执照副本原件及复印件一份；2、合作社法人代表及经办人身份证原件及复印件一份；3、如受他人委托代办的，须持有委托单位出具的代办委托书面证明。
收费内容：148元/证，工本费：正本每份10元，副本每份8元；技术服务费90元；IC卡工本费每卡40元。
注意事项：1、合作社自工商局批准成立或核准登记成立之日起30日内办理组织代码证。2、代码证有效期限为四年，到期须要换证；代码证实行年检制度；年审费25元/次。
第四步：申领税务登记证
办理部门：国家、地方税务局
依据：《税务登记管理办法》
提交材料：1、法人营业执照副本及复印件；2、组织机构统一代码证书副本及复印件；3、法定代表人(负责人)居民身份证或者其他证明身份的合法证件复印件；4、经营场所房屋产权证书复印件；5、成立章程或协议书复印件；
收费内容：2009年中央一号文件明确，将合作社纳入税务登记系统，免收税务登记工本费。
注意事项：1、合作社应当自领取工商营业执照之日起30日内申报办理税务登记，未按照规定期限申报办理者，可处2000元以下的罚款。2、税务登记证定期验证、换证和年检，一年验证一次，三年更换一次。
第五步：办理银行开户和账号
办理部门：任意一家商业银行、农村信用社
依据：《银行账户管理办法》
提交材料：1、法人营业执照正、副本及其复印件；2、组织机构代码证书正、副本及其复印件；3、农民专业合作社法定代表人的身份证及其复印件；4、经办人员身份证明原件、相关授权文件；5、税务登记证正、副本及其复印件；6、合作社公章和财务专用章及其法人代表名章。
收费内容：不收费
注意事项：在银行办理完账号、账户后，需要提交账户到国家税务局；每月到国税局报税